El proceso de implantación de la Agenda 21 se desarrolla en tres fases:

1. Compromiso Institucional. 

2. Diagnóstico de Sostenibilidad, en él se realiza un estudio o análisis sobre la situación actual de la comarca o del municipio en el ámbito social, económico y medioambiental.

3. Una vez estudiado el diagnóstico se elabora el Plan de Acción Comarcal o Local, que consiste en el desarrollo de las estrategias de futuro, bajo el prisma del "desarrollo sostenible", para corregir y/o mejorar las condiciones actuales detectadas. Se trata de un plan consensuado con la ciudadanía, que integra el criterio de sostenibilidad en las políticas municipales.

4. Mediante el Sistema de Indicadores de Sostenibilidad se realiza una revisión a corto plazo y replanteamiento de Actuaciones, así como de objetivos, si fuera preciso. A este proceso se le denomina Plan de Seguimiento, la finalidad del mismo es la retroalimentación del sistema de la Agenda 21.